정부는 기업의 RE100 참여 지원을 위해 2019년 재생에너지 사용인정제도 를 도입하였으며, 이 중 녹색요금제 시범사업을 2020년 초까지 진행하였다. 아직까지배출권거래제와 녹색요금제의 연계에 대해 합의된 바는 없으나, 두 정책이 연계될 경우 기업의 온실가스 감축수단 증가라는 측면에서 시장에 긍정적인 영향을미칠 것으로 판단한다. 배출권거래제와 녹색요금제는 다른 기후 정책이나, 기업관점에서는 배출권거래제 하에서 간접배출 감축비용 및 녹색요금제 하에서 녹색프리미엄을 이중으로 지불해야 한다. 그렇기에 할당대상업체는 이를 중복규제로인식할 수 있다. 이를 해소하는 방안으로 본 논문에서는 두 정책의 연계방안을 제시하였으며, 두 정책의 연계에 따른 기업의 정책효과를 분석하였다. 방법론으로는 불확실성하에서의 투자결정을 분석하는 실물옵션 방법론을 적용하였으며, 배출권 가격 불확실성하에서 배출권거래제와 녹색요금제 연계의 최적투자분기점을도출하였다. 그 결과 기업의 녹색요금제 참여 의사결정은 녹색프리미엄 및 인정률이 중요한 변수로 나타났다. 또한, 최적투자분기점과 배출권 현물가격이 같아지는 녹색프리미엄은 기업의 온실가스 배출특성에 따라 상이하므로 정부는 녹색프리미엄 설정시 기업의 온실가스 배출특성도 고려해야 할 것이다.